A Faculdade de Medicina (FM) da UFRJ foi criada como Escola de Anatomia, Medicina e Cirurgia pela Carta Régia do Príncipe Regente D. João, em 05 de novembro de 1808, e instalada inicialmente no Hospital Militar do Morro do Castelo.

Em 1º de abril de 1813, por projeto de Manuel Luís Alvares de Carvalho, foi fundada a Academia Médico-Cirúrgica no Rio de Janeiro. Mesmo depois de criada a Academia, apenas em 29 de setembro de 1826, por Decreto-Lei de Dom Pedro I, foi autorizada a emissão de diplomas e certificados para os médicos que faziam o curso no Brasil.

Em 03 de outubro de 1832, durante a Regência Trina, foi sancionada a Lei que transformava as Academias Médico-Cirúrgicas do Rio de Janeiro e Salvador/Bahia em Escolas ou Faculdades de Medicina.

Em 1856 a FM foi transferida para o prédio do Recolhimento das Órfãs, na Rua Santa Luzia, ao lado da Santa Casa de Misericórdia.

Em 12 de outubro de 1918 foi inaugurada sua sede própria, na Praia Vermelha. E depois da mudança, o prédio do Recolhimento das Órfãs, que a abrigou por quase um século, passou a chamar-se Instituto Anatômico, onde algumas disciplinas do Curso Médico funcionaram até a década de 1960.

A FM funcionou como escola isolada até 07 de setembro de 1920, quando foi criada, por Decreto, a Universidade do Rio de Janeiro. Em 1937, com a criação da Universidade do Brasil, passa a se chamar Faculdade Nacional de Medicina.

Em 1965 a Universidade do Brasil passou a ser denominada Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) e, em 1973, foi determinada a transferência da FM, ainda localizada na Praia Vermelha, para o Campus da Cidade Universitária, na Ilha do Fundão, onde se encontra atualmente. Em 1975 o prédio da Faculdade Nacional de Medicina, na Praia Vermelha, foi demolido por força do Regime Militar (Governo Médici).

A FM, por força da Lei da Reforma Universitária, dividiu-se então em várias localizações. O gabinete da direção e as seções administrativas estão localizados no Bloco K do Edifício do Centro de Ciência da Saúde (CCS) na Cidade Universitária – Ilha do Fundão, e seus Departamentos estão distribuídos nas Unidades do Complexo Hospitalar e da Saúde (CHS) da UFRJ e no CCS.

Em 1º de março de 1978 foi inaugurado o Hospital Universitário Clementino Fraga Filho (HUCFF), local para onde foi transferida a maioria das disciplinas clínicas e cirúrgicas da FM e outras permaneceram nas outras unidades do CHS da UFRJ, como no Instituto de Puericultura e Pediatria Martagão Gesteira (IPPMG) – 1º prédio construído na Cidade Universitária em 1953, além do Instituto de Neurologia Deolindo Couto (INDC), o Instituto de Psiquiatria (IPUB), a Maternidade Escola e o Instituto de Ginecologia.