A Faculdade de Medicina tem nove Programas Acadêmicos Stricto Sensu (Mestrado e Doutorado) nas Áreas de Concentração:

• Atenção Primária à Saúde
• Anatomia Patológica
• Cardiologia (em parceria com o Instituto do Coração Edson Saad - ICES)
• Ciências Cirúrgicas
• Ciências da Reabilitação (Inter unidades - Faculdade de Medicina e Faculdade de Fisioterapia da UFRJ)
• Clínica Médica
• Doenças Infecciosas & Parasitárias
• Endocrinologia
• Radiologia

O corpo docente Faculdade de Medicina participa também dos Programas de: Mestrado Acadêmico em Saúde Materno Infantil, fruto da parceria do Instituto de Puericultura e Pediatria Martagão Gesteira (IPPMG) com a Faculdade de Medicina; Mestrado e Doutorado Acadêmicos do Programa de Pós-Graduação em Psiquiatria e Saúde Mental do Instituto de Psiquiatria da UFRJ (IPUB) e; Mestrado Profissional em Saúde Perinatal, em parceria com a Maternidade Escola da UFRJ.