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A estrutura da UFRJ e, portanto, da Faculdade de Medicina é departamental. O Departamento é a menor fração da instituição para efeitos de organização didática, científica, administrativa e de distribuição de pessoal. Aos departamentos compete o planejamento, a execução e a coordenação do ensino das diversas disciplinas que o integram. Cada departamento tem uma secretaria e é dirigido por um chefe, subordinado por sua vez ao Corpo Deliberativo do Departamento, composto por professores e representantes dos alunos.
A Faculdade de Medicina possui os seguintes departamentos:
Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Rio Janeiro
Av. Carlos Chagas Filho, 373, Edifício do Centro de Ciências da Saúde
Bloco K, 2º andar, Sala 49 - Cidade Universitária - Ilha do Fundão
Rio de Janeiro - Brasil - CEP: 21.941-902
Tel.: +55 21 3938-6708 / +55 21 2280-7793
