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A estrutura da UFRJ e, portanto, da Faculdade de Medicina é departamental. O Departamento é a menor fração da instituição para efeitos de organização didática, científica, administrativa e de distribuição de pessoal. Aos departamentos compete o planejamento, a execução e a coordenação do ensino das diversas disciplinas que o integram. Cada departamento tem uma secretaria e é dirigido por um chefe, subordinado por sua vez ao Corpo Deliberativo do Departamento, composto por professores e representantes dos alunos.
A Faculdade de Medicina possui os seguintes departamentos: